Adapun tujuan sekolah SDN 16 Banda Sakti adalah sebagai berikut:
- Mengoptimalkan proses pembelajaran dengan pendekatan pembelajaran yang berpusat pada siswa antara lain dengan CTL, PAKEM, LIFE SKILL serta layanan bimbingan dan konseling.
- Mengoptimalkan peranan pendidikan agama dengan lebih menekankan pada kegiatan praktek kunjungan ke tempat panti sosial dan bakti sosial melatih diri dalam mencintai ciptaan Tuhan Yang Maha Esa.
- Menumbuh kembangkan hidup gotong royong serta pedulu kepada sesama dengan berorientasi pada rasa kesetiakawanan dan ikut handarbeni mulat sarira hangroso wani.
- Melestarikan budaya daerah melalui pelajaran muatan lokal bahasa Daerah dengan indikator siswa mampu berbahasa Aceh dengan baik dan benar sesuai dengan falsafah bahasa menunjukkan jati diri bangsa. Di samping mengembangkan bahasa Inggris untuk menghadapi tantangan global.
- Menjadikan keluarga sekolah memiliki kesadaran terhadap kelestarian lingkungan hidup dan alam sekitarnya.
- Mengoptimalkan peranan sekolah dalam memberikan pelayanan terhadap masyarakat dengan semboyan "hari ini harus lebih baik dan pada kemarin dan hari esok harus lebih baik dari hari ini".
